Katakunci : PCR-SINGLE Stand Conformation Polymorphysm ( PCR-SSCP)
Widono Salim, A. Sulistyo, S. Subandiyah, J. Widada*)
LPPM UNS, Penelitian, DP2M, Hibah Pekerti, 2009
Pisang merupakan komoditas penting bagi masyarakat Indonesia, khususnya petani, karena pisang menjadi salah satu sumber pendapatan keluarga petani dan berpotensi juga sebagai sumber devisa negara atau komoditas untuk ekspor. Dua dasa terakhir pengembangan pisang di Indonesia menghadapi masalah yang serius, yaitu semakin meluasnya penyakit darah. Patogen ini semula diasumsikan disebabkan oleh patogen yang sama dengan penyebab penyakit layu pisang di Amerika Selatan (Moko disease) dan di Filipina (Bugtok Disease), yaitu oleh Ralstonia solanacearum ras 2. Namun fakta menunjukkan bahwa secara fenotipik bakteri darah pisang (blood disease bacterium, BDB) sangat berbeda dengan bakteri penyakit Moko dan Bugtok, sehingga identifikasi lengkap untuk pengusulan nama baru diperlukan. Penelitian ini bertujuan mengembangkan metode analisis keragaman melalui pendekatan culturable independent, Plolymerase Chain Reaction-Single Strand Conformation Polymorphism (PCR-SSCP) khususnya untuk mempelajari keragaman BDB antar varietas terinfeksi dan struktur komunitas bakteri endofitik antar varietas terinfeksi. Kegiatan penelitian meliputi eksraksi DNA BDB isolate dari beberapa tanaman rentan dan endofitik dari tanaman terinfeksi menggunakan metode mikrolisis dan amplifikasi DNA dengan primer spesifik BDB (primer 121) dan primer universal untuk bakteri endofitik. Selanjutnya amplikon hasil PCR dilakukan analisis PCR-SSCP, dengan tektik denaturasi pemanasan dan penggunaan formamid. Hasil analisis SSCP menunjukkan bahwa BDB dan bakteri endofitik dari beberapa varietas pisang terinfeksi tidak beragam